درگذشت ناگهانی «حاجی میرزا ابوطالب مجتهد زنجانی» در شمار قتل‌هایی‌ست که هنوز اسرار آن فاش نشده است.
خانه آن مرحوم، پس از انجام تشریفات مقدماتی مهر و موم شد و وصی او که «حاجی میرزا مهدی مجتهد زنجانی» ، برادر زاده‌اش بود برای رسیدگی به این امور به تهران آمد.
مرگ ناگهانی بزرگترین مجتهد تهران که محکمه شرع او پر رونق‌ترین محکمه شرع پایتخت به شمار می‌آمد، مسئله‌ای نبود که بتوان آن را در پرده ابهام نگاه داشت.
مرحوم «آیت‌الله حاجی میرزا مهدی مجتهد» که در زمان فوت آن مرحوم از متنفذترین روحانیان آن دوران بود، به اداره نظمیه مراجعات مکرری داشت تا پرده از این راز برداشته شود ولی تلاش‌های او در این زمینه به جایی نرسید. این دلیل روشنی است بر مشکوک بودن این حادثه. مسئله دیگر که به حقیقت نزدیک‌تر است، این نکته می‌باشد که «مرحوم نصرت‌اله فتحی» ملقب به آتش باک که از دانشمندان همکار ما در روزنامه اطلاعات بود در کتابخانه آقای «موسوی زاده» ، نسخه خطی کتابی را به این نگارنده نشان داد که در آن نویسنده کتاب به شرح «حال حاج میرزا» ابوطالب اشاراتی دارد.
وی در خاطرات خود می‌نویسد؛ «حاج میرزا ابوطالب» که از علمای طراز اول زمان خود بود، در تهران عنوان زیادی داشت. من به دیدار او در کتابخانه‌اش رفتم. چشمان نافذش مخاطب را به شدت تحت تاثیر قرار می‌داد. در آن روزها خانه «حاج میرزا ابوطالب زنجانی» در محاصره پلیس بود. «محمدعلی میرزا» که برای بازستاندن تاج و تخت خود با سوارانی از ترکمن‌ها تا امامزاده جعفر پیش آمده بود به رجال کشور از جمله «حاج میرزا ابوطالب زنجانی» نامه‌هایی نوشته بود. نامه‌ای که «محمد علی شاه» به «حاج میرزا ابوطلب» نوشته بود به دست مجاهدین افتاده و آن‌ها او را تهدید به مرگ کرده بودند.
بر اساس نوشته‌های مولف این کتاب، زمانی که نویسنده به دیدار «حاجی میرزا ابوطالب» رفته است، وی تهدید به مرگ شده بود و به خواست آن مرحوم «نظمیه» خانه او را تحت نظر داشت. بدین ترتیب مسئله‌ی تهدید به قتل قطعی به نظر می‌رسد.
«عزیزالسلطان» در خاطرات خود (کتاب روزنامه خاطرات غلامعلی خان عزیزالسلطان ملیجک، جلد سوم صفحه 1997) به مشکوک بودن این قتل اشاره کرده و می‌نویسد: «دیشب آقا سید ابوطالب زنجانی مرحوم شده است، صبح که رفتند توی اطاقش، دیدند مرده است و گردنش بریده شده است. یک حکمی هم فرستاده بودند که ببیند چه شده است به عنوان این که می‌خواهیم امتحان بکنیم، کاری کردند که چیزی معلوم نشود.»
«سید جواد ظهیرالاسلام» از سوی پدرش امام جمعه تهران در نامه‌ای او را شهید خطاب کرده است و شواهد امر نیز این نکته را تایید می‌کند.
توضیح این نکته را لازم می‌دانم که در آغاز امر، پلیس کوشیده است که این جنایت را کار همسر او، شاهزاده خانم «فخرالسلطنه» عنوان کند در حالی که این اتهام به هیچ روی پذیرفتنی نیست که شاهزاده خانمی شوهر خود و مجتهد بزرگ شهر را خفه کند.
باید به این نوشته بیافزایم که مرحوم «حاج میرزا ابوطالب خانم فخرالسلطنه» را طلاق داده بود ولی به او اجازه داده بود که برای رسیدگی به فرزندانش در حیاط اندرونی همان خانه سکونت کند. این شایعه که غلامان سفارت انگلیس به محکمه شرع او به منظور رسیدگی به پرونده‌های اتباع ایرانیِ تحت حمایت انگلستان رفت و آمد داشتند به کمک شاهزاده خانم «فخرالسلطنه» ، او را به قتل رسانده‌اند ، شایعه‌ای صد در صد ساختگی و غیر مستند است.
عقیده شخص این نویسنده آن است که تندروهای افراطی مشروطیت به ویژه عوامل «یپرم خان» ، مرتکب این جنایت شده‌اند. «میرزا صادق مستشارالدوله» اشاره به این دارد که مجاهدین تندرو و یاران «یپرم» ، فهرستی از سی، چهل نفر تهیه کرده بودند که آن‌ها را اعدام کنند. بدین جهت بعید نیست که همان افراد، عامل اجرای این جنایت بوده‌اند و نکته‌ای دیگر که ذکر آن ضروری به نظر می‌رسد این است که تا دو سال پس از استقرار مجدد مشروطیت، محکمه شرع «حاج میرزاابوطالب» با همان رونق پیشین همچنان برقرار بود و دولت انقلابی مشروطه نه تنها برای این مجتهد درستکار مشکلی ایجاد نکرد بلکه کمک‌های رسمی دولت به محکمه شرع او مانند سابق ادامه داشت و پس از مرگ مشکوک او، «عضدالملک نایب‌السلطنه» با تأیید شاه برای ورثه او از سوی دولت مشروطه مقرری برقرار کرد. امید آنکه روزی با جست وجو در اسناد نظمیه آن زمان این راز سر به ، مهر افشا شود.